Istria ha una storia molto lunga e incredibilmente ricca, in quanto è una delle prime zone della Croazia ad essere state abitate. Grazie alle terre fertili, alla costa frastagliata con porti protetti e alla qualità della pietra locale che può essere usata per le costruzioni, Istria è un territorio invitante che è stato abitato sin dalla preistoria.
Ci sono molti siti archeologici in Istria che confermano l'esistenza di comunità umane primitive. Alcuni di questi ritrovamenti risalgono all'Età della Pietra, circa 2 milioni di anni fa. I siti più ricchi di reperti, la Grotta Sandalja vicino a Pola e la grotta Romuald vicino a Rovinj, hanno testimonianze che provano che quest'area è stata abitata da cacciatori preistorici tra il 40.000 e il 10.000 a.C.
Probabilmente Istria prende il suo nome dalla tribù preistorica Histri, che abitò in queste zone dal 2° millennio prima di Cristo. Gli Histri vivevano in comunità tribali e si occupavano di caccia, agricoltura e commercio; avevano anche la fama di essere dei pirati. Centinaia di forti di quell'epoca sono sparpagliati per tutta l'Istria.
Nel Secondo Secolo, dopo un centinaio di anni di battaglie, l'esercito romano finalmente conquistò Istria. Il dominio romano, durato 5 secoli, fu caratterizzato da un'intensa urbanizzazione. Fu durante questo periodo che si formarono le prime città istriane, tra cui Pola è la più grande. I romani usarono la forte pietra istriana per costruire case, edifici e strade per collegare le nuove città e gli insediamenti.
Nel medioevo, Istria cambiò vari governatori, dai Bizantini ai Veneziani. Nel VII secolo le prime tribù croate abitarono l'area. Molti monumenti, basiliche e chiese sparpagliate per la penisola appartengono a questo periodo.
Dopo i secoli del lungo dominio Veneziano, Istria finì sotto l'autorità di Napoleone nel XVII secolo e pochi anni dopo divenne parte dell'Impero Austriaco.
Nel XIX secolo Istria fu interessata da trambusti politici e culturali. La popolazione croata combattè per un'eguaglianza nazionale e politica tra gli abitanti croati, sloveni e italiani della penisola. Riuniti attorno al vescovo Juraj Dobrila, i croati lottarono per salvaguardare la loro lingua, la cultura e la tradizione.
Durante la prima metà del XX secolo, Istria fu sotto controllo italiano, soffrendo un'intensa italianizzazione in tutte le sfere della vita, dall'uso della lingua alla persecuzione di patrioti croati.
Dopo la Seconda Guerra Mondiale, Istria fu l'oggetto di molte discussioni internazionali, divisa tra la nuova formata Yugoslavia e l'autorità anglo-americana. Nel 1954 l'intera area di Istria fu riunita con il territorio croato per la prima volta nella sua storia. Dopo lo smembramento della Yugoslavia e la dichiarazione di indipendenza della Croazia nel 1991, Istria divenne parte della Croazia, condividendo il suo destino fino ai giorni nostri.